本校於民國四十七年四月，由土城國小借什分魚農地設立砂崙分班，以後於民國六十六年八月始成立青草分校，派高冠次分校主任，在西北寮購地一甲一分，到民國七十年八月，始由省府核定獨立為青草國小。
在未獨立設校時，高分校主任積極籌畫，秉著教育熱誠，為社區民為社區民比以及學生爭取成立青草國小，向市府提出設校理由，分校不予獨立的缺失；同時提出有效可行的辦法：一、廢止十二班設校障礙。二、改設一至六學年完整即可獨立原則。並提出分校長期發展計畫，購置土地，興建校舍。拜訪砂崙里陳獨男里長，協力爭取闢建通往學校道路，歷經長期的努力。
民國七十年八月，青草國小成立，首任校長高冠次，家長會長陳正雄，學校興建校舍二間，廚房、地下室各一間，綜合球場、車篷各一座。圍牆二百公尺。加強校園美化綠化，種植花木，當時校園光禿禿片，工友郭允條先生親自到社區砍伐榕樹，栽植校園裡。如今枝葉扶疏，茂密成蔭，綠意盎然。
民國七十二年十一月，凱弘大飯店蔡松江董事捐資塑造國父銅像一座，以供學生瞻養，效先賢偉人愛國救人的精神。
民國七十五年八月，張明長接任第二任校長，校舍大致設置完善，家長會長魏武雄集資籌建假山噴水池花園一座，廣植花木，更增添校園環境幽美秀麗。
民國八十年八月，校長陳先助為解決學區家長照顧幼童學前問題，成立幼稚班一班，增設幼稚園遊樂器材設備。組訓直笛隊，參加台灣省直笛比賽第二名，民國八十四年九月，黃黎明校長接任，推展民俗技藝扯鈴活動，學生表現優異獲得好評。
民國八十六年九月，邱全福校長接任，實施教學正常化，重視學生德智體群美五育均衡發展，充實教學設備，提升教學效能，爭取學校設備有：電腦教室設備、專科教室二間、以及提出操場整建計畫、美化綠化校園，推展才藝活動，組訓扯鈴隊，足球隊、鼓號樂隊、田徑隊等，參加台南市各項比賽獲得良好成績，八十六學年度國小聯運扯鈴比賽第一名，足球比賽第二名，六十公尺徑賽女子組第一名
民國九十年八月，高斌領校長接任，實施「學習桃花源，教育理想國」的學校經營理念，建構學校本位發展，前瞻性的學校行政管理，營造學習型組織，務實以兒童為中心的統整化課程學習，引導專業性的教師自主，建立科技人文、自然生命、終身學習的校園環境。
民國九十四年八月，鄭秋定校長接任，建立「安全、理性、服務、研究、創新」的優質校園文化極具有執行力的學校團隊，達成學校願景及學校教育目標 。
民國一０一年八月，耿育文校長接任第八任校長，統整原有的校園基礎，結合社區支援系統，規劃未來發展的方向。為求深耕，積極領導同仁建構「綠色校園永續青草」為本校願景，並將環境教育內涵納入學校本位課程中，進行教學或推動主題活動。
民國一０八年八月，曾文欽校長接任第九任校長。
